Süleyman Demirel Üniversitesi Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi’nin temelleri, 1418 sayılı Kanun ile 21 Şubat 1976 tarihinde kurulan Isparta Devlet Mühendislik Mimarlık Akademisi’ne dayanmaktadır. Akademi, 1976-1977 eğitim-öğretim yılında Millî Eğitim Bakanlığı’na ait Gülkent Ortaokulu binasında İnşaat Mühendisliği ve Makine Mühendisliği bölümleriyle eğitim-öğretime başlamıştır.

20 Temmuz 1982 tarihinde yürürlüğe giren 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Akdeniz Üniversitesi’ne bağlanarak “Isparta Mühendislik Fakültesi” adını almıştır. Bu dönemde fakülteye Jeoloji Mühendisliği (1983-1984), Maden Mühendisliği (1987-1988) Jeofizik Mühendisliği (1988-1989) ve Çevre Mühendisliği (1992) olarak yeni bölümler eklenmiştir.

11 Temmuz 1992 tarih ve 3837 sayılı Kanun ile kurulan Süleyman Demirel Üniversitesi bünyesine dahil edilen fakülte, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi adıyla eğitim-öğretim faaliyetlerine devam etmiştir. Yükseköğretim Kurulu’nun 28 Aralık 1993 tarihli kararıyla, Mimarlık, Tekstil Mühendisliği ve Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği bölümlerinin açılması uygun görülmüş; bu bölümler 1995-1996 eğitim-öğretim yılından itibaren öğrenci kabul etmeye başlamıştır.

1992 yılındaki aynı Kanun çerçevesinde Endüstri Mühendisliği, Bilgisayar Mühendisliği, Şehir ve Bölge Planlama bölümleri de açılmıştır. Bu bölümlerden Şehir ve Bölge Planlama bölümüne 2005-2006 eğitim-öğretim yılında ilk öğrenci yerleştirmesi yapılmıştır. Endüstri Mühendisliği ve Bilgisayar Mühendisliği bölümleri ise 2006-2007 eğitim öğretim yılında eğitim-öğretime başlamıştır. Gıda Mühendisliği bölümü ise 2007-2008 eğitim öğretim yılında fakülte bünyesine katılmıştır.

Bu gelişmelerle birlikte fakülte, toplam 13 bölüm ile eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürmeye başlamıştır. İnşaat, Makine, Jeoloji, Maden, Jeofizik, Tekstil ve Elektrik-Elektronik Mühendisliği bölümlerinde ikinci öğretim programları da yürütülmüştür. Fakülte bünyesindeki tüm bölümler, Süleyman Demirel Üniversitesi’nin Çünür Batı Kampüsü içerisinde yer almaktadır.

8 Mart 2012 tarihli Bakanlar Kurulu Kararı ile Mühendislik-Mimarlık Fakültesi ikiye ayrılmış; Mühendislik Fakültesi ve Mimarlık Fakültesi olarak yeniden yapılandırılmıştır. Bu düzenleme sonrasında Mühendislik Fakültesi bünyesinde şu bölümler faaliyet göstermeye devam etmiştir: Bilgisayar, Çevre, Elektrik-Elektronik, Endüstri, Gıda, İnşaat, Jeofizik, Jeoloji, Kimya, Maden, Makine, Otomotiv ve Tekstil Mühendisliği.

Son olarak, 4 Ağustos 2023 tarihli ve 7477 sayılı Cumhurbaşkanı Kararnamesi ile fakültenin adı “Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi” olarak değiştirilmiştir. Fakültemiz, bu yeni adıyla eğitim-öğretim, araştırma ve topluma hizmet faaliyetlerine devam etmektedir.